Eleito em Julho deste ano Reitor da Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro (UTAD), Fontainhas Fernandes é professor catedrático de Bioquímica Ambiental na UTAD. Foi presidente da Escola de Ciências da Vida e Ambiente; Pró-Reitor da Avaliação e Qualidade de Ensino (2006-2010) e das Estruturas Especializadas e Projectos Estruturantes (2010-2012).
Integra a direcção da Associação do Parque da Ciência e Tecnologia do Porto (PortusPark), tendo sido um dos responsáveis pela candidatura do Regia Douro Parque. É membro da Comissão Consultiva da Sociedade Ponto Verde; do Conselho de Admissão e Qualificação da Ordem dos Engenheiros e da rede EmpreenDouro. É ainda presidente da Sociedade Ibero-Americana de Contaminação e Toxicologia Ambiental.
Recebeu a medalha de ouro de Mérito Municipal atribuído pela Câmara de Vila Real, pelo trabalho desenvolvido no Parque de Sta. Cruz-S. Brás, do qual foi coordenador, que foi ainda distinguido com o Prémio Nacional de Arquitectura Paisagista.